实验室设主任1人，副主任3人，分别负责实验室的科学研究、学科发展、学术交流、人才队伍建设、人才培养、人员和经费管理、科研工作协调与任务监督、条件建设、设备购置与保养、科研成果管理、各项工作制度的实施，以及对外联络等日常工作。各方向设立学术带头人1~2名。实验室设立由19位知名专家学者组成的学术委员会，学术委员会由吉林大学任露全院士任主任。

1.学术委员会

建设期间，成立了重点实验室学术委员会，学术委员会是实验室最高学术机构，也是建设管理委员会学术咨询机构，由本领域19位知名专家学者组成，通过召开学术委员会会议，听取和审议实验室主任作实验室的工作报告。负责审议和评审实验室建设及发展方向、研究计划、开放基金课题等，并为主要学术骨干的选聘及国际学术交流活动提供咨询和建议。

2.建设管理委员会

建设期间，成立了由12人组成的重点实验室建设管理委员会，建设管理委员会是实验室的领导、决策机构，主要由依托单位相关行政管理部门负责人组成，主要负责实验室人、财、物的规划与落实，具体审议专项建设资金的投入、协调基础设施建设、设备维护、环境改善、后勤保证等各项相关工作，并对实验室的科研、财务、人事及固定资产的管理工作进行指导和监督。

3. 实验室机构组成

重点实验室设主任1名，副主任3名。实验室主任负责实验室的日常业务及行政管理工作，副主任分别负责行政和科研、对外合作和教学与人才培养的管理等；实验室正、副主任与各研究方向的学术带头人共同负责制定实验室的学科建设与发展规划、编制实验室年度工作计划、预决算方案，审议实验室大中型仪器设备的配置计划、实验室规章制度等。